Tıbbı Genetik Derneği

Sitogenetik Kalite Protokolü

European Cytogeneticists Association Cytogenetic Guidelines and Quality Assurance
TEMEL KONULAR
1. GİRİŞ
1.1. KAPSAM
Avrupa Sitogenetik Birliği’nin (ECA) kalıcı çalışma grubu “Sitogenetik ve Toplum” bu rehberi Avrupa’daki sitogenetik laboratuvarlarına bir kalite çerçevesi oluşturmak üzere Avrupa Birliği tarafından ekonomik olarak desteklenen “Mükemmeliyet Ağ Bağlantısı” (Network of Excellence) olan “Eurogentest çalışma paketi 1.4 (Eurogentest workpackage 1.4)” ile işbirliği içinde hazırlamıştır (sitogenetik için eksternal kalite kontrol sistemi). Bu rehberin ileride tüm Avrupa ülkelerinde referans olarak kullanılacak genel standartların ve el kitaplarının gelişmesine ön ayak olması umulmaktadır. Özellikle ulusal rehberleri olmayan ve yüksek standartlara ulaşmak isteyen ülkelerde uygulanabilir özelliktedir. Rehberin ECA tarafından benimsenmesi bu süreci hızlandıracaktır.
Bu rehber ulusal standartların geliştirilmesinde yardımcı olmak amacıyla hazırlanmıştır. Sitogenetik uygulamaları ve yasal düzenlemeleri Avrupa ülkeleri arasında farklılıklar göstermekte ve bazı durumlarda yerel yasalar ve düzenlemeler bu rehber ile uyum göstermeyebilmektedir. Böyle durumlarda yasal düzenlemeler ulusal standartların oluşturulmasında temel teşkil edecektir.
Bu rehber halen etkin olan kalite değerlendirme şemaları, iyi laboratuvar uygulamaları dokümanlarını, akreditasyon prosedürlerini, değişik ülkelerin protokollerini ve aynı zamanda uluslararası politika dokümanlarını dikkate alarak hazırlanmıştır. Bu doküman sitogenetik laboratuvarları tarafından uygulanmakta olan birçok rutin çalışma metodunun kalite kontrol ve güvencesi için yaklaşımları da içermektedir. Bu standartlar kabul edilebilir en alt? kriterler olarak değerlendirilmelidir ve bu nedenle bu en alt standartların altında hizmet veren laboratuvarların uzun vadede yetersiz hizmet kalitesi ve başarı performansı göstermesi tehlikesi vardır. Bu standartlar aynı zamanda sitogenetik laboratuvarlarının sertifikasyonu ve/ veya akreditasyonu için bir rehber olarak kabul edilmelidir.
Pratik uygulamadaki ve teknolojideki değişimi ve hızlı ilerlemeyi göz önüne alarak bu rehber düzenli olarak çalışma grubu tarafından gözden geçirilecektir. Avrupa eksternal kalite kontrol ağının kurulması şiddetle desteklenmektedir. Bazı testlerin birden fazla teknoloji ile gerçekleştirilebiliyor olması eksternal kalite kontrol sistemleri tarafından göz önüne alınmalıdır. Örneğin; Prader Willi sendromu değerlendirmesi için moleküler genetik teknikler sitogenetik analizden daha başarılı sonuçlar vermektedir. Aynı şekilde, küçük delesyon ve duplikasyonları araştırmak için moleküler genetik teknikler ve FISH, rutin sitogenetik analize göre daha başarılı sonuçlar vermektedir. Hem sitogenetik hizmetler ve hem de sitogenetik eksternal kalite kontrol sistemleri ilerleyen teknoloji ile güncelleştirilmelidir; bazı durumlarda bu durum sitogenetik çalışmanın yerini moleküler genetik uygulamaların alması gerektirecektir.
Dokümanın sonunda bu rehberin hazırlanılmasında başvurulan ulusal ve uluslararası rehber ve politikalar ile faydalanılan diğer dokümanların listesi verilmiştir. Bu listede eksikler bulunabilir. Ayrıca, genetiğin bu alanı hızla değişim göstermekte olduğundan, yazarlar bireysel çalışmaların güncel literatür ve rehberler ile uyumlu olarak yürütülmesini önermektedir.
1.2 GENETİK DANIŞMANLIK
İnsan genomu kişisel ve ailesel kimliğin temel elemanıdır. Diğer tıbbi değerlendirmelerden farklı olarak sitogenetik ve diğer genetik testler kişi üzerinde psikolojik, sosyal ve üreme ile ilgili yönlerden önemli etkilere neden olmaktadır. Bu nedenle, konstitüsyonel sitogenetik testlere yönlendirme, test öncesinde ve sonrasında, üst düzeyde danışmanlık verebilecek genetik alanında eğitim almış tıp doktoru, hemşire ya da uzman/deneyimli bilim insanı tarafından yapılmalıdır. Tüm genetik testler, aydınlatılmış onam formu alınarak yapılmalıdır.
2. PERSONEL
Avrupa’da sitogenetik laboratuvarlarının oluşturulmasında farklı yasalar, yapılanmalar ve gelenekler vardır. Bu farklılıkları tanımlamak gerekirse; idari sorumlu sitogenetikte uzmanlaşmış olabilir ya da olmayabilir veya sitogenetik laboratuvarını eğitimli (deneyimli) bir danışman olmadan yürütebilecek yönetim becerilerine sahip olmayabilir. Dolayısıyla laboratuvarın yönetimi değişken olabilir. Aşağıda tarif edilen personel yapısı yalnızca sitogenetik laboratuvarının günlük idaresinden sorumlu olanlar için gerekli olan yetenekleri tanımlamaya yöneliktir.
2.1 YÖNETİCİ/ MÜDÜR / LABORATUVAR SORUMLUSU (SUPERVISOR)- MESUL MÜDÜR
Günlük tüm iş akışından ve laboratuvarın kontrolünden sorumlu, çalışan klinisyen, hemşire veya bilim insanlarının ihtiyaçlarını karşılayabilecek, alanında yeterli vasıflara sahip deneyimli bir doktor veya uzman bilim insanı olmalıdır. Asgari eğitim standartları (vasıflar) aşağıda sunulmuştur:

Genetik ve sitogenetik alanında uzmanlaşmış tıp doktoru veya
Genetik ve sitogenetik alanında uzmanlaşmış bilim doktoru veya
Genetik ve sitogenetik alanında uzmanlaşmış B.Sc veya M.Sc derecesi sahibi kişi veya
Devlet tarafından genetik ve sitogenetik alanlarında uzmanlaştığı belgelendirilen kişi

Deneyim süresi ulusal düzenlemelere bağlıdır. Ayrıca bazı ülkelerde bazı ek profesyonel özellikler gerekebilir.
2.2 TANISAL ÇALIŞMA SORUMLUSU/ ÜNİTE SORUMLUSU- GENETİK TANI MERKEZİ SORUMLUSU
Sözkonusu laboratuvarın çalışmaları konusunda yeterli eğitimi ve deneyimi olan (kıdemli?) bir bilim insanı ya da tıp doktoru sitogenetik laboratuvarındaki tüm tanısal çalışmaları yönetir.
Asgari eğitim standartları aşağıda sunulmuştur:

Genetik ve sitogenetik alanında uzmanlaşmış B.Sc veya M.Sc derecesi sahibi kişi veya
Devlet tarafından genetik ve sitogenetik alanlarında uzmanlaştığı belgelendirilen kişi

Sitogenetikte sorun giderme (yapısal, edinilmiş veya FISH) özel eğitimli ve deneyimli kişi gerektirir.
2.3 TEKNİK PERSONEL
Personel yapacağı deney ile ilgili yeterli eğitimi almış olmalıdır. Daha az deneyimli personelin deneyimli bir personel tarafından denetlendiğinin belgelenmesi gereklidir.
2.4 STAJER PERSONEL
Tüm stajer personel eğitimli bir denetmen eşliğinde bir eğitim programına dahil olmalıdır. Stajerin belirli bir teknik veya süreç hakkında yeterli eğitimi aldığını gösterecek prosedürler olmalıdır.
2.5 YARDIMCI PERSONEL
Yardımcı personel ofis işleri, temizlik, sterilizasyon ve/ veya fotoğraflama çalışmalarında çalışabilir ama bu çalışmalar teknik personel tarafından da yürütülebilir.
2.6 İDARİ PERSONEL
İdari işlerin yanında sitogenetik raporların hazırlanması, sitogenetik kayıtların arşivlenmesi ve geri çıkarılması ile bölümün genel işlerinde çalışabilirler.
2.7 TIBBİ İŞBİRLİĞİ
Laboratuvar, düzenli olarak tıbbi uzman danışmanlığına ulaşabilir olmalıdır. Bir klinik konsültan ile öngörülebilen herhangi bir acil durumda ulaşılabilecek şekilde hazırlanmış bir çalışma çizelgesi oluşturulmalıdır. Deneyimli klinik ve laboratuvar uzmanları birbirlerinin çalışma alanları ile ilgili yeterli disiplinler arası eğitime sahip olmalıdır.
2.8 BİLİMSEL İŞBİRLİĞİ
Laboratuvar, araştırma ve bilimsel işbirliğini desteklemelidir. Örneğin; eğer bir laboratuvar kendi FISH problarını geliştirip işaretleyecek ise, moleküler biyoloji alanında deneyimli bir personel bulundurulmalıdır. Eğer bu kişi merkezde çalışmıyorsa, mesai saatlerinde danışmanlık için ulaşılabilir olmalıdır.

3. İŞYÜKÜ ÖNERİLERİ
Personel arasında analiz hızı ve örnek hazırlama sayısı açısından kişisel özellikleri ve ek görevleri nedeniyle belirgin farklılıklar olacaktır. Ayrıca iş yükü üzerinde otomasyonun derecesi, çalışılan analizlerin karmaşık olup olmaması ve fotoğraflama çalışmasının gerekli olup olmamasına bağlı değişkenlikler olabilir. Personel sayısı, örnekler ile ilgili işlemlerde gereksiz gecikmelerin yaşanmaması için yeterli olmalıdır.
Tüm bunları hesaba katarak, sitogenetik alanında çalışan bir personelden beklenen yıllık iş yükü aşağıdaki gibidir (Yardımcı ve idari personel bu iş yükü değerlendirmesinde göz önüne alınmamıştır):

250-350 lenfosit örneği; veya
250-350 prenatal örnek; veya
250-350 solid doku örneği; veya
150-250 hematolojik örnek; veya
100-200 solid tümör örneği; veya
400-500 metafaz/interfaz FISH testi; veya
150-220 özel FISH testi, örneğin çoklu sub-telomer

İş yükünün çalışmaların karmaşıklığına ve laboratuvarın değişik doku tipleri açısından örnek sayısı dağılımına bağlı olarak değişeceği açıktır. Örneğin daha karmaşık ve teknik olarak zor olan onkoloji ve FISH örneklerinin hakim olduğu bir laboratuvarda azaltılmış bir iş yükü daha uygundur.
Personelin kendini yetiştirmesi ve sürekli eğitimi için yeterli zaman ayrılmalıdır.
Bir yöntem kurulduğunda (prenatal, postnatal, edinsel veya onkolojik), deneyim elde edilebilmesi için laboratuvar o alanda yılda en az 100 örnek çalışmalıdır. Aksi halde, bu örnekler diğer bir laboratuvara yönlendirilmelidir. Personelin yeterli deneyim kazanabilmesi için bir laboratuvarın yılda 500 örnekten az çalışma yapmaması önerilir (tüm örnek tiplerinin toplamı).
Sonuçların yeterli kontrolünün sağlanması, hizmetin kişilerin yokluğu veya izin hallerinde sürdürülebilmesi, iş yükü artışlarının karşılanabilmesi için mesul müdüre ek olarak en az iki tanısal çalışma sorumlusu gereklidir.

4. LABORATUVAR PROSEDÜRLERİ
4.1 GENEL
Çalışma ortamı ve yerleşiminin, laboratuvar çalışmasına uygun ve yetkisiz kişilerin girmesini engellemek için yeterince güvenlikli olması gereklidir. Çalışma ortamında çalışanlar ve ziyaretçiler için iş kazalarının azaltılmasına yönelik gerekli önlemler alınmış olmalıdır.
Yer darlığı ve laboratuvar donanımlarının yetersizliği kültür ve analiz kalitesi için sınırlayıcı faktör oluşturmamalıdır.
4.1.1 REFERE EDİLEN OLGULAR
Sitogenetik laboratuvarına materyal gönderilmesi için gerekli endikasyonlar için ek-1’e bakınız. Laboratuvarın kendi yapamadığı, özel deneyim gerektiren kromozomal kırık analizi ve moleküler genetik testler gibi çalışmalar için materyal gönderebileceği laboratuvarlar ile ilgili bir politikası olmalıdır.
4.1.2 STANDART UYGULAMA PROSEDÜRLERİ (SOP)
Laboratuvarda yapılan tüm uygulamalar için, kullanılan teknikler ve kullanımdaki cihazlar ile ilgili standart uygulama prosedürleri olmalıdır. Prosedürler personelin anlayabileceği bir dilde yazılmalı ve yıllık olarak gözden geçirilmelidir. Kullanımdan kaldırılmış eski prosedürler en az 5 yıl süre ile saklanmalıdır. Tüm personelin SOP’lar hakkında bilgisi olması, yeterli eğitimi almış olması ve bu prosedürleri anlamış olmasından laboratuvar yöneticisi sorumludur.
4.2 EKİPMAN VE ALTYAPI
Gerekli donanımın yıllık olarak servis bakımı yapılmalıdır. Tüm donanım European Community (CE) standartlarına uygun olmalıdır. Council Directive 93/68/EEC: 1993
Ekipman sorunlarını en aza indirmek için tüm mutlak gerekli donanımdan iki adet olmalıdır (iki inkubator, iki santrifüj gibi). Eğer herhangi bir nedenle mutlak gerekli bir cihazın ikincisi alınamıyorsa, laboratuvarın işini etkileyecek bir aksamanın nasıl aşılacağını gösteren bir “arıza planı” yazılı olarak bulunmalıdır.
4.2.1 GÜVENLİK KABİNLERİ
Tüm taze sitogenetik örnekleri Hepatit B’li kan örneklerinde olduğu gibi tehlikeli bir patojen taşıma riskine sahiptir. Biyolojik materyal kontaminasyonlarından korunmak için uygun güvenlik kabinleri bulunmalıdır. Bakınız; CE yönergesi (CE 93/88/EEC). Horizontal laminar hava kabinlerinden çalışanı korumaması nedeniyle kaçınılmalıdır. Birçok ülkede çalışanların, örneklerin ve çevrenin korunması ile ilgili ulusal düzenlemeler mevcuttur. Eğer ulusal bir düzenleme yoksa aşağıdaki dokümanlardan faydalanılması önerilir.
EC yönergesi (CE 93/88/EEC),HSC, Advisory Committee on Dangerous Pathogens, The management and design and operation of microbiological containment laboratories (ISBN 0717620344) veya Almanya için ZKBS advisory committee.
4.2.2 INKUBATÖRLER
Tüm inkubatörler ve diğer kritik cihazlar, CO2 (kullanıldığı durumlarda) ve ısı sorunları ile ilgili alarm ve uyarıcı sistem içermelidir. Merkezden izlenebilir alarm sistemleri önerilir.
Prenatal tanı yapan laboratuvarlarda materyali bölerek çalışmak için en az iki inkubator olmalıdır. Prenatal çalışma örnekleri ile prenatal olmayan örneklerin çapraz mikrobiyal kontaminasyonu önlemek için ayrı inkübatörlerde kültüre edilmesi önerilir.
4.2.3 GÖRÜNTÜ AKTARMA CİHAZLARI
Yüksek kalitede hizmet sunmak için tüm görüntü analiz sistemlerinin düzenli olarak yazılım güncelleştirmelerinin yapılması gereklidir.
Görüntü analiz sistemlerinin sayısı örneklerin incelenmesinde sınırlayıcı bir faktör olmamalıdır. Görüntü analiz sistemlerinin kullanılması sırasında, marker kromozomların veya fazladan kromozomların olmadığının teyit edilmesi için analiz işleminin bir aşaması (ilk analiz ya da kontrol) mikroskop ile yapılmalıdır.
Görüntü analiz sistemlerinin arızaları nedeniyle gereksiz gecikmeleri önlemek için servis anlaşması yapılması şiddetle önerilir.
4.3 SİTOGENETİK ÇALIŞMA TEKNİĞİ
4.3.1 HÜCRE KÜLTÜRÜ
Mümkün olan her kültür tipi için iki bağımsız kültür kurulması önerilir.
4.3.2 BANTLAMA
Tüm karyotiplerde bir bantlama tekniği kullanılmalıdır. Bazı kromozom kırık sendromları hariç, tüm kromozom içeriğinin bir bantlama tekniği ile tam analizini içeren bir raporun gerekli olmadığı bir durum söz konusu değildir.
ISCN’de 5 adet bantlama seviyesi tanımlanmıştır; bunlar rezolüsyon seviyelerinin belirlenmesinde rehber olarak kullanılabilir. Bantlama kalitesinin tespiti için birçok yöntem geliştirilmiştir. Almanya ve İngiltere gibi bazı ülkeler 250 (QAS 2), 350 (QAS 4) ve 550 (QAS 6) bphs bant çözünürlüklerinde hangi bantların görülebilir olduğunu gösteren alternatif bir kalite skorlaması geliştirmişlerdir. Detaylı bilgi ACC (www.cytogenetics .org.uk) ve BVDH (www.gfhev.de/en/membership/ under quality management) internet sayfalarından bulunabilir.
Sayısal ve yapısal anomaliler refere edilme nedenine uygun bant seviyesinde değerlendirilmelidir. Bir ya da daha fazla objektif ve tekrarlanabilir bant kalite değerlendirmesi yöntemi ile bant çözünürlüğü değerlendirilmelidir ve bu yöntemler laboratuvar protokol kitabında tanımlanmalıdır.
Bantlama kalitesinin değerlendirilmesi için standardize edilmiş bir metodun kullanılması gereklidir ve hastanın refere edilme nedenine göre değişen, kararlaştırılmış minimum standartlar kullanılmalıdır. Uzmanın yapısal ve sayısal anomalilerin başarılı bir şekilde ekarte edildiğinden emin olabilmesi için hastanın refere ediliş nedenine uygun bant seviyesinde tam bir analiz yapılması gereklidir. Spesifik çözünürlük standartları çalışılan doku ve olguya uygun olmalıdır. 400 (QAS 4) bphs bant çözünürlüğü yapısal sitogenetik çalışmalarında sık görülen anöploidilerin tespiti için en alt seviyedir. Mental retardasyon, doğumsal anomaliler, dismorfik çocuklar ve tekrarlayan gebelik kayıpları olan aileler için minimum standart 550 (QAS 6) bphs bant seviyesi olmalıdır.
Hastanın refere edilme sebebi için minimum bant kalitesi elde edilemediğinde ve klinik olarak önemli bir anormallik tespit edilmemişse, rapor buna uygun olarak, aksine klinik gerekçe yoksa yeniden bir invazif işlemin gerekli olmadığını açıklayacak şekilde düzenlenmelidir.
4.4 ANALİZ
4.4.1 KARYOTİPLEME/ KROMOZOM ANALİZİ
Genellikle, yapısal analiz için minimum 5 hücrenin, hematolojik analiz için ise 10 hücrenin tam analizi gereklidir. Eğer metafaz analizi her bir homolog setinin (X ve Y dahil) bant bant karşılaştırılmasını içeriyorsa en az 3 tam saha analizi yapılabilir. Eğer homolog çiftten birisi diğer bir kromozom ile üst üste binmiş ise, o homolog çifti yapısal anomali olasılığı açısından tek tek incelenmelidir (skorlanmalıdır?).
Laboratuvar politikasına bağlı olarak ek hücreler sayılabilir. Eğer klinik olarak mozaisizm şüphesi veya bulguları varsa çok daha fazla sayıda hücre incelenmeli ya da sayılmalıdır. Laboratuvarın bu analiz kriterleri için yazılı bir protokolü olmalıdır.
Hiper-, hipodiploid ve poliploid hücreler konstitüsyonel ve hematolojik analizlerde tam olarak analiz edilmelidir.
Tüm olgularda görüntü ya da preparat tekrar değerlendirme için arşivlenmelidir (Bakınız 11.12.1).
Klonal anormallikler için ISCN kullanılarak tanımlama yapılır.
4.4.2 KONTROL
Tüm olguların ikinci bir kez deneyimli bir sitogenetikçi tarafından kontrol edilmesi gereklidir. Deneyimli bir denetçi veya sitogenetikçi analizleri kontrol etmelidir.
4.5 YENİ BİR LABORATUVAR PROSEDÜRÜNE BAŞLANILMASI
Bir laboratuvarın, yeni bir laboratuvar tekniğinin uygulamasına başlarken eğitim alan teknik ekip için ve yeni donanım için birer protokolü olmalıdır, böylece hastalar preparatın ya da donanımın uygunsuz idaresi nedeniyle riske atılmamış olur. Yeterli deneyim elde edilene kadar bunu yapmanın bir yolu; gelen materyalleri bölerek, yarısını deneyimli diğer bir laboratuvara göndermektir. Doğrulama (validasyon) ve standart uygulama protokolleri bulunmalıdır.
4.5.1 MOLEKÜLER TEKNİKLERİN KULLANIMI
Moleküler genetik teknikler konvansiyonel sitogenetik tekniklerden daha duyarlı olduğu doğrulandığında bu yöntemleri kullanmak gereklidir (örneğin Angelman veya Prader Willi sendromu, diğer mikrodelesyon sendromları, frajil X sendromu). Bu testlerin yapılamadığı durumlarda hastaların diğer bir laboratuvara refere edilmesi söz konusu olabilir. Yine de birçok vakada diğer kromozom anomalilerinin ekarte edilmesi gerekli olabilir.

5. SPESİFİK KROMOZOM ANALİZİ
5.1 PRENATAL
5.1.1 AMNİYOSİT KÜLTÜRLERİ
Kontaminasyon riskini veya inkubator arızası nedeniyle kültür kaybını en aza indirmek için iki kültür yapılmalı, bu kültürlerin işlemleri birbirinden bağımsız olmalı, farklı inkubatörlerde bulundurulmalı ve hatta mümkünse inkubatörlerin elektrik akımları ayrı kaynaklardan sağlanmalıdır. Prenatal kültürler için iki farklı kültür besiyeri veya iki farklı üretimde üretilen aynı marka besiyeri kullanılmalıdır. Diğer reaktiflerde de bu özelliklere dikkat etmek gerekir. Anne hücresi kontaminasyonu, yalancı mozaisizm, gerçek mozaisizm ve in vitro yeniden düzenlenmeler tanınabilmelidir, kültür ve analiz sistemi bu problemleri tanıyacak ve birbirinden ayırt edecek şekilde düzenlenmelidir.
Tek bir örnek için tüm hücre kültürlerinin çıkarım ve subkültür işlemlerinin aynı anda yapılmasından kaçınılmalıdır.
Mümkünse rapor yazılana kadar yedek kültürler saklanmalıdır.
Aydınlatılamayan fetal patolojiler için hücre dondurma yöntemleri uygulanabilir olmalıdır.
5.1.2 KORYON VİLLUS KÜLTÜRLERİ
Koryon villus örneklemesi (CVS) örneği kültür edilmeden önce ayrıştırılmalı ve maternal desidual hücreler maternal kontaminasyon riskini azaltmak için ayrılmalıdır. İstek formunda materyalin laboratuvara gönderilmeden önce ayrıştırılıp ayrıştırılmadığı belirtilmelidir. Eğer kısa dönem preparasyonları ile öncü bir sitogenetik tanı konuldu ise, yorum hatalarını engellemek için bir uzun süreli kültür ile doğrulaması yapılmalıdır (Eucromic 1997, ACC Collaborative study, 1994). Sadece kısa dönem inkubasyon preparatlarından (direkt preparasyon) analiz yapılması önerilmemektedir (Eucromic 1997, ACC Collaborative study, 1994). Eğer örnek her iki çalışmayı birden yapmak için yeterli miktarda değilse o zaman uzun süreli kültürden analiz önerilir.
5.1.3 FETAL KAN KÜLTÜRLERİ
Fetal kan kültürleri anne kanı ile karışmadığını ve tamamen fetal kökenli olduğunu göstermek üzere test edilmelidir. Bunun için birçok hematolojik yöntem bulunmaktadır (alkalin fosfataz, Kleinhauer, Coulter counter ölçümü). Aksi için geçerli bir neden yoksa (anormal fetal kan sonucu ve gebelik sonlandırılması gibi) fetal kan ve amniyon sıvısı örneklerinin her ikisi de çalışılmalıdır.
5.1.4 PRENATAL ÇALIŞMALARDA MOSAİSİZM
Her bir örnek için iki veya üç kültür kurulmalıdır. İkinci ve üçüncü kültürün analizi mozaisizm şüphesi ve yalancı mozaisizm hallerinde (örneğin; trizomi 2 veya tespit edilen anomalinin fetal gelişim ile uyumlu olmaması) çalışılmalıdır ( bakınız Hsu et al., 1996, 1997). Genellikle, iki ayrı kültürde aynı anomali tespit edilirse mozaisizm doğrulanmış olur.
İn situ preparasyonlarda, incelenen hücrelerin hepsi aynı koloniden değilse, sadece bir kültürden yapılan analiz yeterli olabilir. Ancak, yalancı mozaisizm olasılığını ortadan kaldırmak için iki ayrı bağımsız kültürden analiz önerilmektedir. Yeterli koloni varsa, bir koloniden iki hücreden fazla analiz yapılmamalıdır (tek hücre kaynaklı anomalinin ayırt edilmesi hariç). Koloni sayısı yeterli değilse raporda bir açıklama yazılmalıdır. Rutin seviyede yapılan analizlerde tüm gerçek fetal mozaisizmleri saptamak ve küçük yapısal düzensizlikleri belirlemek mümkün değildir.
Değişik tipte mozaisizmlerin tanımlanması için laboratuvarda bir rehber hazırlanmalıdır. Bireysel vakalar dikkatli değerlendirme ve tartışma gerektirebilir ve analiz edilen ve sayılan hücre sayısı arttırılabilir.
Amniyon sıvısı hücre kültüründe mozaisizm tespitini takiben, bağımsız başka bir kültürden veya koloniden çok sayıda hücre incelenmesi gerekir. Anormal hücre dizisinin doğrulanamaması, normal gebeliği gösterir ancak etkilenen kromozoma ve tespit edilen anormalliğe bağlı olarak ek incelemelerin yapılması gerekebilir ( bakınız Hsu et al., 1996, 1997). Mozaisizm ve in vitro anormalliklerin ayırt edilebilmesi için bağımsız koloni yönteminin kullanılması önerilir. CVS’ de mozaisizmin önemi anormalliğin direkt ve kültür preparatlarında değişik hücre tiplerinde dağılımına ve etkilenen kromozoma bağlıdır (Eucromic 1997, ACC Collaborative study, 1994).
Bazı olgularda fetal uniparental dizomi göz ardı edilemez ve kesin olmayan bu durumun aydınlatılması için ek testlere ihtiyaç vardır. 7, 11, 14 ve 15 no’lu kromozomların mozaisizm ve plasentaya sınırlı mozaisizmlerinde, 14 ve 15 no’lu kromozomların Robertson tipi translokasyonlarında ve 7, 11, 14 ve 15 nolu kromozomlardan kaynaklanan marker kromozomlarda UPD çalışmaları gerekliliği göz önünde bulundurulmalıdır (Kotzot 2002; Robinson et al., 1996; ACC Prenatal Guidelines, 2005).
5.2 POSTNATAL
5.2.1 KAN, SOLİD DOKU VE KONSEPSİYON ÜRÜNLERİNDEN POSTNATAL KROMOZOM ANALİZİ
Bakınız bölüm 4.4.1. Klinik olarak beklenen mozaisizm varsa en az 30 hücrenin analizinin yapılması önerilir (Uygun analiz miktarının güvenlik sınırları lenfosit kültürleri için 1977’de Hook tarafından hazırlanan tablodan bakılarak verilebilir). FISH analizi uygun prob olduğunda sayısal mozaisizm taraması için en uygun yöntem olabilir. Pallister- Killian sendromu ve trizomi 8 mozaisizmi gibi bazı durumlarda birden fazla dokudan alınan örneklerde mozaisizm taraması yapılması gereklidir.
Herhangi bir analizde mozaisizmi kesin olarak ekarte etmenin mümkün olmadığı hastayı refere eden klinisyene açıklanmalıdır.
5.2.2 MOSAİSİZM
Mozaisizm beklenen olgularda (örneğin seks kromozom anomalileri ve kromozom kırık sendromları), sayılan ve incelenen hücre sayısı mozaisizm ve klonaliteyi ayırt etmeye yetecek sayıda olmalıdır. Fazla sayıda hücre incelemesi genellikle yeterlidir (bakınız 5.2.1). Ancak laboratuvar, seks kromozom anomalileri rapor etmeden önce yaşla birlikte olabilecek kromozom kayıplarını ve/veya kazanımlarını göz önüne almalıdır (Guttenbach et al. 1995; Gardner and Sutherland, 2003). Laboratuvar ayrıca dokular arasında mozaisizm oranlarında değişkenlik olabileceği konusunda dikkatli olmalıdır.
5.2.3 KONSEPSİYON ÜRÜNLERİ VE TAKİP ÖRNEKLERİ
Anormal vakaların takibi internal kalite kontrolünün bir parçasıdır. Ancak, fetal morfoloji laboratuvar bulgularını desteklemiyorsa, mümkün olan durumlarda fetal doku parçaları analiz edilmelidir.
5.2.4 KROMOZOMAL İNSTABİLİTE SENDROMLARI
Kromozomal instabilite sendromlarının nadir görülmeleri ve yorum problemlerinin bulunması, deneyimsiz laboratuvarların bu hastaları deneyimi olan laboratuvarlara yönlendirmesini gerektirmektedir. Klasik kırık sendromları; Ataksi telenjiektazi, Bloom sendromu, Fanconi anemisi ve Nijmegen sendromunu içerir. DNA replikasyonu/tamir mekanizması bozukluğu ile seyreden diğer hastalıklar (Cockayne sendromu ve Xerodema Pigmentosum gibi) sitogenetik yöntemlerle tanı koymaya uygun değildir.
Klastojenlerle yapılan çalışmalar yalnızca negatif ve eğer mümkünse pozitif kontrol örnekleri ile birlikte yapılmalıdır. Tüm kontrol ve test örnekleri aynı zamanda alınmalı, kültüre edilmeli ve çıkarımı yapılmalıdır. Kontroller uygun şekilde seçilmelidir (yaş, cinsiyet gibi). Hasta ve kontrol olguları kör olarak analiz edilmelidir. Saptanan kromozom kırıklarının anlamlı olup olmadığı yeterli sayıda hücre incelenerek doğrulanmalıdır.

Bloom Sendromu

Bazı etkilenmiş hastaların normal SCE sıklığı gösteren hücre toplulukları olması nedeniyle, 20 metafazın analiz edilmesi önerilir. Laboratuvar aynı yöntemler normal kontrol örneklerine uygulandığında bulunan SCE sıklıklarını kaydetmelidir.

Fanconi anemisi

Tanı ve tanının ekarte edilmesi klastojenik ajanların uygulandığı kültürler ile yapılır. Fanconi’de oldukça sık olarak görülen somatik mutasyon olasılığının araştırılması için yeterli sayıda hücre analiz edilmelidir. En az 50, fakat tercihan 100 hücre analiz edilmesi önerilir. Klastojen ajanın etkisi klastojen uygulanmayan kontrol veya klastojen uygulanmışlardaki SCE seviyesi ile değerlendirilir.

Ataksi Telenjiektazi ve Nijmegen sendromu

Radyasyona maruz bırakılan kültürlerden 50 ile 100 metafazın anomali sıklığı açısından değerlendirilip, normal kontroller ile karşılaştırılması ile tanı konulur. Bazı Ataksi Telenjiektazi olgularında radyasyon ile orta seviyede cevap oluşur; 50 bantlı metafaz, 7 ile 14 nolu kromozomlar arasında T hücre antijen reseptör loküsünü de içeren yeniden düzenlenmeler dahil olmak üzere, kromozomal yeniden düzenlenmeler açısından taranmalıdır.
5.2.5 SİTOGENETİK ANALİZLE TESPİT EDİLEN DİĞER NADİR SENDROMLAR
Bazı hastalıkların moleküler temellerinin son yıllardaki ilerlemeler ile anlaşılmasına karşın, sitogenetik çalışmalar sıklıkla tanısal çalışmaların ilk aşamasıdır.
Yeterli sayıda metafaz incelenmeli ve tespit edilen kromozomal değişikliklerin anlamlı olup olmadığı değerlendirilmelidir.

Roberts sendromu

50 adet blok (bantsız ve Leishman/ Giemsa ile boyalı) veya C bantlı metafazlar çift sentromer, şişmiş sentromer ve tramvay rayı şeklinde sentromer açısından değerlendirilmelidir. 50 bantlı alan anöploidi açısından sayılmalıdır.

ICF sendromu

50 metafaz 1, 9, 16. kromozomların heterokromatik bölgelerindeki anormallikler ve çok dallı kromozomlar açısından değerlendirilir.
5.3 ONKOLOJİ: LÖSEMİ VE SOLİD TÜMÖRLER
Tanısal hizmet veren tüm laboratuvarlar, hematolojik hastalıklar ile ilgili analitik ve yorumsal hizmet sağlayabilmelidir (Bkz; ek 1). Başvuru; tanı aşamasında, transplantasyon, relaps/transformasyon gibi tedavi sonrası takip aşamalarından birinde veya ulusal ya da yerel bir çalışmanın bir parçası olarak olabilir.
5.3.1 KEMİK İLİĞİ
Hematolojik ve solid doku tümör kültürlerinde mitotik indeksi arttırmak için, kültürler mümkün olduğunda direk, kısa dönem ve senkronize (uzun dönem) olmak üzere optimize edilmelidir. Laboratuvarlar kültür süresinin anormal klonun görülmesini etkileyebildiğini dikkate almalıdır. B ve T hücreli lenfoproliferatif hastalıklardan şüphelenildiğinde uygun mitojenlerle ek kültürler yapılmalıdır.
5.3.2 SOLİD TÜMÖR
Solid tümör kültürleri hem çok sayıda kültür ve hem de uzun inkubasyon süreci (>72 saat) gerektirir. Laboratuvarın tanısal hizmetler kurulmadan önce değişik doku tipleri ile ilgili kültür çalışmalarında deneyim sahibi olması önerilir.
5.3.3 HEMATOLOJİK KROMOZOM ANALİZİ
Klonal gelişimin tespiti için yeterli sayıda hücre incelenmelidir. Özellikle lösemilerde kemik iliği ve uyarılmamış kan örneklerinden elde edilen metafazların kalitesi düşüktür. Bazı daha iyi kaliteli kromozom morfolojisi gösteren normal hücreler olabileceğinden, değişik kalitedeki hücrelerin birlikte incelenmesi bir klonun tespiti için önem taşımaktadır. Anormal hücreler genellikle daha kötü kaliteli olanlardır ve anormalliğin klonal olup olmadığının tespiti için yeterli hücre incelenmelidir (klonalitenin tanımı için bakınız ISCN).
Yüksek bir olasılıkla anormallik az sayıda hücrede vardır veya birçok alt klonlar vardır. Tanısal örneklerde ve relaps ya da transformasyon araştırması için gönderilen örneklerde normal karyotip saptandığında en az 10 hücre tam olarak analize edilmeli ve 10 hücre daha anormal kromozom açısından taranmalıdır. Eğer örnek 20’den az normal hücre içeriyorsa, rapor buna uygun olarak düzenlenmelidir.
Tedavi/remisyon sonrası sitogenetik takip için gönderilen hastalarda aşağıda tanımlanan analizler önerilir:

Tanıda normal sonuç elde edilmişse, tekrar çalışma genellikle gerekli değildir.
Tanıda anormal sonuç elde edilmişse, söz konusu anomalinin tespiti için en az 20 hücre değerlendirilmelidir. Bazı durumlarda takip çalışmalarında FISH daha uygundur.
Transplantasyon olgularında en az 30 metafaz donör ve alıcı hücrelerini birbirinden ayıran bir marker açısından değerlendirilir (örneğin Y kromozom tespiti cinsiyet farkı olan transplantlarda kullanılabilir, burada da FISH daha uygun olabilir).

Skorlamanın tanımlanması: Belirli bir karyotipik bulgunun çok sayıda hücrede olup olmadığının araştırılmasıdır.
5.3.4 ONKOLOJİ KROMOZOM ANALİZİ
Normal karyotip ya da anormal klon rapor edilmeden önce değişik kalitede yeterli miktarda hücre incelenmiş olmalıdır. Eğer örnekten 10’dan az normal hücre elde edilmişse rapor buna uygun olarak düzenlenmelidir. Bir tümör çalışmasının raporlandırılması ve yorumlanması özel bir alandır ve laboratuvar ile refere eden histopatolog arasında yakın işbirliği hayati önem taşır.
5.4 CGH VE MİKROARRAY TEKNOLOJİSİ
Bu yöntemler halen deneysel kabul edilmektedir. Ancak bu teknikleri kullanan bir laboratuvar standart uygulama kılavuzlarını hazırlamalıdır. Testler hakkında iç doğrulama (internal validasyon) kurulduğunda ve test uygun laboratuvar rehberlerine göre işletildiğinde, çalışılan klinik olgular, rutin örnekler gibi değerlendirilmelidir.

6. FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON (FISH)
6.1 GENEL
İnterfaz ve metafaz FISH çalışmaları tek ya da çoklu problar kullanılarak değişik klinik durumlarda güvenilir sonuçlar verebilir. Metafaz yaymalarının yaşı ve kalitesine bağlı olarak, preparatlar arasında ve aynı preparat içinde sinyal kalitesinde değişkenlikler gözlenebileceği unutulmamalıdır. Bir delesyon ya da yeniden düzenlenmeden şüphelenildiğinde, hibridizasyonun etkinliğinin en etkili kontrolü normal kromozom üzerindeki sinyalin değerlendirilmesidir ve kontrol probu da iyi bir internal kontrol yöntemidir.
Probun sensitivite ve spesifitesine bağlı olarak incelenen hücre sayısı da göz önüne alınarak mozaisizm olasılığından bahsedilebilir ve uygun olduğunda yorum yapılabilir.
Hibridizasyon optimal değilse, testin tekrarlanması gereklidir. Bir delesyon ya da diğer bir yeniden düzenlenmeden şüpheleniliyorsa, sonuç en az bir başka prob ile tekrarlanmalıdır.
Sonuçlar tercihan karyotip sonucu ile takip edilmelidir. Bu özellikle refere ediliş nedeni ile laboratuvar sonuçları arasında uyumsuzluk olduğu hallerde gereklidir.
İnterfaz FISH bir tanısal test olarak uygulanmadan önce çalışılacak materyal tipi üzerinde bu tekniğin kullanımı ile ilgili personel yeterli eğitimi almış olmalıdır. Laboratuvar elde edilecek sonuçların sınıflandırması ile ilgili standartlarını ve bu sonuçlar ile ilgili yapacağı yorumları hazırlamalıdır.
6.2 EKİPMAN, TEKNİK VE GÜVENLİK
FISH çalışmaları için özel bir çalışma ortamı bulunmalıdır. Gerekli donanım; tüplerin değişik sıcaklıkta inkubasyonunu sağlayacak olanaklar, mikrosantrifüj, uygun filtreleri bulunan floresan mikroskop veya uygun kamera ile görüntü analiz sistemini içermelidir. Formamid gibi zararlı gazları olan kimyasallar için çalışan personeli korumak için çeker ocaklı dolaplar olmalıdır. Kendi problarını yapan laboratuvarlar için DNA kontaminasyonundan korunmayı sağlayan tedbirlerin alınması gereklidir.
6.3 REAKTİFLER
Her yeni işaretli prob, ister laboratuvarın kendi üretimi, ister hazır satın alınmış olsun, tanısal çalışma için kullanılmadan önce valide edilmelidir. Bu validasyon aşağıdaki testleri gerektirir:

Hedef özgüllüğü: Probun doğru hibridize olup olmadığının tercihan hem normal hem de beklenen anormalliği gösteren preparatlarda test edilmesi
Analitik duyarlılık ve özgüllük: Bu değerlendirme probun bağlanması gereken yere bağlanma oranı (duyarlılık) ve hedef bölge ile diğer kromozom bölgelerine bağlanma arasındaki oran (özgüllük) değerlendirmeleri ile yapılır. Ticari olarak temin edilen probların çoğunda, ürünü sağlayan firma genellikle bu parametreleri değerlendirmektedir. Yanlış tanıdan kaçınmak için duyarlılık ve özgüllüğün yüksek olması gereklidir.

Validasyon verileri iç denetim için tam olarak belgelenmelidir.
6.4 TEKNİKLER
6.4.1 TÜM KROMOZOM BOYAMASI
Piyasada hazır satılan boyamalar genellikle güvenilirdir. FISH çalışmaları ile kırık noktalarının tespiti sırasında dikkatli olunmalıdır ve bantlama çalışmaları ile birlikte yürütülmelidir. Kromozom boyamalarının çözünürlüğünün değişik boyamalarda farklılık gösterebileceği unutulmamalıdır. Küçük yeniden düzenlenmeler, kromozom boyaması ile hedef kromozomun tamamı eşit olarak boyanmadığı takdirde saptanamayabilir.
6.4.2 MİKRODELESYONLARIN TESPİTİ VE SUBTELOMERİK BÖLGE ANALİZİ
Laboratuvarlar genellikle piyasada hazır olarak satılan kitleri kullanmaktadır. Analiz edilen hücre sayısı preparatın hazırlanılmasında kullanılan probun sensitivite ve spesifitesine uygun olmalıdır. Eğer mikroduplikasyondan şüpheleniliyorsa sonuçlar alternatif metotlarla konfirme edilmelidir (Örneğin moleküler analizler ya da dansitometri ile).
6.4.3 İNTERFAZ FISH
Sonuçlar yorumlanırken çok dikkat edilmesi gereklidir. İnterfaz hücrelerinde sinyal değişkendir ve çok fazla sayıda hücre değerlendirmek gerekebilir. Neoplastik hastalıklarda minimal residüel hastalık tespitinde çok fazla sayıda hücre değerlendirmek gereklidir.
Prenatal tanı çalışmalarında maternal kontaminasyona dikkat edilmeli ve uygun şekilde kaydedilmelidir.
İnterfaz FISH çalışmasının yalnızca bazı tip kromozom düzensizliklerini gösterebileceği, tam bir sonuç veremeyeceği ve konvansiyonel bantlı sitogenetik değerlendirme yapılmadığında yanlış yönlendirebileceği unutulmamalıdır.
Interfaz FISH daha önce standart kromozom analizi ile tespit edilmiş olan anormallikler için mozaisizm ve kimerizmin seviyesini tespitte bir ek test olarak kullanılabilir.
6.5 ANALİZ
FISH’in sitogenetik olarak görülebilir olan anormalliklerin doğrulaması için kullanılması önerilmez ancak tanısal ve prognostik önemi olan hallerde kesin olmayan varyantların tespiti için kullanılabilir. Ayrıca beklenmedik şekilde kendini gösteren klasik anormalliklerin doğrulamasında da kullanılabilir.
6.5.1 KONSTİTÜSYONEL
Loküse özgün problar – Anormalliğin tespiti veya dışlanması için 5 hücre değerlendirilmelidir.
Çoklu prob analizi – Her bir prob için normal sinyal tarzının belirlenmesi için 3 hücre incelenmelidir. Anormal patern elde edildiğinde sonucun doğrulanması önerilir.
Anöploidi için prenatal interfaz taraması – Her bir prob seti için 30 hücrede sinyal sayılmalıdır.
Mozaisizm için interfaz taramasında - Minimum 100 hücre değerlendirilmelidir.
6.5.2 HEMATOLOJİ VE ONKOLOJİ
FISH çalışması için önerilen standart hücre sayısı 100’dür. Ancak, bilinmektedir ki yeterli pozitif sonuç sıklıkla daha az hücreden de elde edilebilmektedir (özellikle KGL’de olduğu gibi anormalliğin tüm hücrelerde olduğu ya da hiçbirinde olmadığı durumlarda) ve şüpheli bir bulgu daha fazlasını gerektirebilmektedir.
Tüm tanısal FISH çalışmalarında, eğer varsa az sayıda metafaz incelenmesi için uğraşılmalıdır, sadece interfaz hücrelerine bağlı kalınmamalıdır. Normal hücrelerde doğru probların kullanıldığını teyit eder ve anormal metafazlar beklenilenden farklı sinyal tiplerinin yorumlanmasında çok kıymetli olabilir.
Laboratuvarlar farklı FISH probu tipleri ve onların normal sinyal tipi hakkında dikkatli olmalıdır (örneğin parçalı problar ve birleşik problar). Prob setlerinin sınırları özellikle sadece interfaz hücrelerini incelendiği durumlarda dokümante edilmelidir.
Parafinli dokulara uygulanan FISH çalışmaları özellikle bazı özel yeniden düzenlenmelerin ve gen amplifikasyonlarının araştırılmasında en uygun yoldur ve tümör dokusunun direkt analizini sağlaması avantajı vardır. Bir anormallik tespit edildiğinde analiz, 10 hücrenin analiz eden kişi ve kontrol eden kişi tarafından skorlandırılması ile sınırlı tutulabilir; fakat herhangi bir anormalliğin dışlanması için her birinden 100’er hücre incelenmesi önerilir.
6.6 KONTROL
FISH değerlendirmesi tercihan eğitimli iki kişi tarafından analiz için hazırlanan hücrelerin %30-70’i incelenerek yapılmalıdır. İki kişinin elde ettiği skorlar arasında önemli ölçüde farklılık olursa sonuca ulaşmak için (gerekirse diğer bir laboratuvardan) üçüncü bir kişi değerlendirmelidir. Bu üçüncü kişi daha önce elde edilen skorlar hakkında bilgilendirilmelidir.
Metafaz FISH çalışmalarında konvansiyonel bantlamanın kontrolü için aynı yöntem kullanılmalıdır.
7. ANÖPLOİDİLERİN HIZLI TANISINDA QF-PCR
Bu yöntem prenatal tanıda faydalı bir ek testtir ve çok sayıda prenatal materyal geliyorsa FISH’den daha uygun bir testtir. Bu tekniğin kullanımından önce internal validasyon şarttır. Bu tekniğin sitogenetik laboratuvarlarında uygun olarak kurulabilmesi için moleküler genetik çalışanları ile yakın işbirliği (liyezon) gereklidir.
QF-PCR’ın kromozom anormalliklerinin tespitindeki sınırlılıkları açıkça bilinmektedir. Trizomi 13, 18 ve 21 için test yapılması önerilirken, seks kromozomlarının anöploidileri için test yapılması ancak refere edilen hastaların bir kısmı için kabul edilebilir bir durumdur. QF-PCR analizi sadece araştırılan prob loküsü için bilgi vericidir. Tam bir kromozom analizinin yerine geçemez.
7.1 EKİPMAN, TEKNİK VE GÜVENLİK
Ekipman düzenli olarak bakımdan geçirilmelidir ve atıkların güveli atılması için prosedürler olmalıdır. Dizi analiz cihazı STR ürünlerinin analizinde 2 bp alel çözünürlüğünde olmalı ve peaklerin altındaki alan/peak yüksekliğinin sayısal değerlendirebilmelidir.
7.2 ÖRNEK HAZIRLANMASI
Amniyon sıvısı için 0,5 ile 4 ml arasındaki bir miktar ve materyalin 1/10’unun incelenmesi önerilmektedir, çünkü daha fazla miktarlar karyotip analizi çalışmasını etkileyebilmektedir. Koryon villus örneklerinde, plasenta ile sınırlı mozaisizme bağlı yanlış tanı olasılığını azaltmak için farklı bölgelerden alınmış en az iki villusun seçilip çalışılması önerilmektedir.
Tüpler arası transfere ihtiyaç bırakmaması nedeniyle Chelex temelli DNA izolasyon prosedürleri önerilmektedir. Laboratuvarın kendi ürettiği kitlerde bir normal ve bir trizomili DNA örneği ile her yeni malzeme seti ile çalışmaya başlanıldığında ürün kontrolü, test kalitesinin sürdürülmesi ve trizomi tanısı için gereklidir. DNA ve PCR ürünü kontaminasyonu olasılığının araştırılması için her bir PCR çalışmasına H2O örneği eklenmesi gereklidir. Standart uygulama olarak 24-26 PCR siklusu yapılmalıdır ve bilgilendirici olmayan (uninformative) sonuçları azaltmak için her bir kromozom için en az 4 marker kullanılmalıdır. Üçlü/ dörtlü/ beşli/ altı nükleotit içeren tekrar dizileri daha az sayıda tekrarlayan çıkıntılara (stutter peaks) yol açtığından marker olarak kullanılmaları önerilmektedir. Test edilecek alanda az sayıda marker olması halinde, ikili tekrar markerlarının da kullanılması kabul edilebilir.
Daha önce QF-PCR’da kullanılmamış markerların kullanılması halinde anöploidili örnekleri de içeren en az 100 örnekte validasyon testleri yapılmalıdır.
7.3. ANALİZ
Elektroforetogram ve peak ölçümlerinin uygun bir kağıda çıktı alınarak analizi önerilir. Verilerin kalitesi açısından hem maksimum hem de minimum peak yükseklikleri analizde kullanılmalıdır. Bazı markerların değerlendirilememesi renkler ve elektroforetik çıkıntılarda karışma gibi geçerli teknik nedenler olduğunda kabul edilebilir. Alel oranları hesaplanırken peak alanı, peak yüksekliği veya her ikisinin birden kullanılması kabul edilebilir. Sonuçların analizi otomatik dizi analizi cihazı tarafından yapıldığında geniş aralıklarla yerleşen aleller nedeniyle peak distorsiyonundan da kaçınabilmek için peak alanının kullanılması önerilir.
Boyu ya da kapladığı alanı az olan allelin değeri, boyu ya da alanı fazla olan alele bölünür ; normal değer aralığı 0,8-1,4 aralığını geçmemelidir.
Bir sonucu anormal olarak değerlendirebilmek için diğer markerların hepsi bilgilendirici değilken (uninformatif iken) en az iki markerın triallelik yapıda olması gerekir. Sadece bir markerın anormal olduğu durumlarda sonucun anormal olarak değerlendirilmesi kabul edilemez. Sonucun anormal olduğu durumlarda, örneğin kimlik tespiti için PCR’ın tekrarı, örneklerin yeniden ekstraksiyonu ve anne kanı analizi önerilir.
Bir sonucu normal olarak değerlendirebilmek için diğer markerların hepsi uninformatif iken en az iki markerın diallelik yapıda olması gerekir. Sadece bir markerın normal olduğu durumlarda diğer markerların hepsi uninformatif iken sonucun normal olarak değerlendirilmesi, raporda sonucun tek bir markerın değerlendirilmesi ile konulduğu ve teyit edilmesi gerektiği belirtilirse kabul edilebilir.
Maternal kontaminasyon olduğunda, allel sonuçları kesin değil veya yüksek seviyede anne genotipi mevcutsa fetal genotip yorumlanmamalıdır.
7.4 RAPORLAMA
Fetal materyalin test edildiği kabul edildiğinde, raporun ana metninde ya da öneriler kısmında mozaisizmin ve incelenen kromozomlardaki küçük segment dengesizliklerinin saptanamayacağı belirtilmelidir. Trizomik bölgenin tanımlanması için markerların yerleşimlerinin listelendirilmesi gereklidir. Normal bir raporda markerların listesinin sonucu gizlemeyecek şekilde verilmesi kabul edilebilir.
Normal QF-PCR sonuçlarının “13, 18 ve 21 nolu kromozomlar için normal diploid kromozom kuruluşu ile uyumludur” “13, 18 ve 21 nolu kromozomlar için normal görünümde kromozom kuruluşu tespit edilmiştir” “trizomi bulgusu yoktur” şeklinde rapor verilmesi kabul edilebilir.
Anormal sonuçların “Down sendromu ile uyumludur”, “Down sendromunu işaret etmektedir” veya “Down sendromlu olduğu tahmin edilmektedir” şeklinde yorumlu olarak yazılması gereklidir. QF-PCR cinsiyet kromozomları assay’inin monozomi X için etkin bir tarama testi olduğu ancak tanısal bir test olmadığı unutulmamalıdır. Tüm polimorfik markerların tek bir peak verdiği ve Y kromozomuna ait peak bulunmadığı durum Monozomi X ile uyumlu bir sonuç olmakla birlikte, aynı zamanda tüm markerlar için homozigot olan normal dişi bireyi de gösteriyor olabilir. Böyle bir sonuç diğer bir yöntem kullanılarak teyit edilmelidir veya monozomi X ile uyumludur diye rapor ederken aynı zamanda normal bir dişide de aynı sonucun alınabileceğine dair uyarı mesajı konulması gerekir.
FISH ve kromozom analizinin sınırları açık bir şekilde bilinmektedir. FISH analizi sadece prob ile araştırılan bölge hakkında bilgi vermektedir. Tam bir kromozom analizinin yerine geçemez.
Tekrarlayan dizilere ait sonuçlar yorumlanırken, nadir de olsa bazı insanların hedef bölgede çok az sayıda tekrarlayan dizi taşıyabileceği göz önüne alınmalıdır.
Sonuçların yorumlanması uygun şekilde eğitim almış sitogenetikçi veya hekim denetimi gerektirir.
8. RAPORLAMA
8.1 STANDARDİZASYON
Sitogenetik bulguların açık ve (belirsizliğe yer bırakmayacak şekilde) kesin tarifi ile sonuçların klinik anlamının açıklanması sitogenetikçinin sorumluluğudur. Raporlar standardize edilmiş, uzman olmayanların açıkça anlayabileceği şekilde düzenlenmiş olmalıdır.
Rapor üzerinde kesinlikle elle değişiklik yapılmamalıdır. Kültür işlemlerinin ayrıntılarının, işlem sonuçla ilintili olmadıkça (CVS’in direk ya da kültür sonucu, tümörün direk ya da kültür sonucu gibi) belirtilmesi gereksizdir. Laboratuvar kayıtları denetlenebilir olmalıdır; analiz edilen hücre ya da preparatlar, kültür öğeleri ve örnek etiketi üzerinden geriye doğru izlenebilmelidir. Analiz kağıtları rezolüsyon derecesini, kullanılan bantlama tekniğini ve ek bantlama tekniklerinin ayrıntılarını içermelidir.
Raporlar standardize edilmiş, uzman olmayanların açıkça anlayabileceği şekilde düzenlenmiş olmalıdır.
Rapor aşağıdaki bilgileri içermelidir:

Başvuru tarihi ve rapor tarihi
Gönderen klinisyenin adı
Laboratuvar kimliği
Hastanın kimliği (İsim ve doğum tarihi olmak üzere iki farklı belirleyici ile)
Özgün örnek kimliği
Başvuru nedeni (endikasyonu)
İncelenen doku
Testin klinik belirteci (ör. Kromozom analizi, FISH)
Hematolojik hastalıklar ve interfaz FISH için sayılan ve analiz edilen toplam hücre sayısı
Bant rezolüsyon düzeyinin ya da başvurunun gerektirdiği minimum standarttan düşük kalitede ise bunun belirtilmesi
ISCN’e uygun yazılmış karyotip ya da kompleks FISH sonucu veriliyor ise özet açıklama
Her türlü kromozom sonucu / anormalliğinin kapsamlı yazılı tanımı
Yazılı yorum (uzman olmayanlar için anlaşılır)
Sorumlu kişinin adı ve imzası

ANORMAL bir olgunun raporu üsttekilere ek olarak aşağıdakileri de içermelidir.

Anormalliğin açık yazılı tanımı ve karyotipin dengeli olup olmadığı
Uygulanabilir olduğunda doğru ISCN adlandırması ile düzenlenmiş karyotip
Mozaisizm varsa hücre sayılarının belitilmesi
Eşlik eden herhangi hastalık/sendromun adı
Sitogenetik sonucun klinik bulgulara uyup uymadığı ve/veya beklenen fenotipin belirtilmesi
Uygun ise genetik danışmanlık önerisi
İç kalite kontrolü amaçlı prenatal sonuçların doğrulanması için örnek istemi. Doğum öncesi tanısı konmuş dengeli yeniden düzenlenmenin doğum sonrası doğrulanması, çocuğun dosyasında karyotip kaydının görünmesinin sağlanmasına yardımcı olabilir.

Rapor, ulusal yasalar tıbbın farklı dalındaki uzmanlarca yapılması gerektiğini belirtmediği sürece yukarıdaki bilgileri içermelidir.
8.1.1 STANDARDIN ALTINDA ANALİZ
Analiz kalitesinin ya da seviyesinin kararlaştırılmış standartlara ulaşamadığı olgularda, rapor şartlı olmalı ve sonuçların kısıtlılığını açıklamalıdır.
8.1.2 KROMOZOMAL VARYANTLAR
Heterokromatin büyüklüğü, satellit büyüklüğü, floresan yoğunluğu veya heterokromatin bölgenin perisentrik inversiyonları gibi polimorfizmler, uzman olmayanlar için karışıklığı önlemek adına, raporda belirtilmemeli ve yalnızca hastanın laboratuvar kaydında belgelenmelidir.
Bazı durumlarda polimorfik varyantları beyan etmek gerekir ve önemleri yorumlayıcı açıklamada açıkça belirtilmelidir. Ör: Alıcı – verici kemik iliği graft karşılaştırılması.
8.1.3 MOZAİSİZM VE YALANCI MOZAİSİZM
Genel olarak, raporlarda klonal olmayan ya da artefakt olması muhtemel mozaisizm ve yalancı mozaisizm belirtilmemelidir.
Özellikle kanser sitogenetiğinde, neyin klonal olmayan bir aberasyonu oluşturduğuna karar vermek her zaman kolay değildir. Bu nedenle genel kuralları uygularken klinik başvuruyu da birlikte değerlendirmek akılda tutulmalıdır. (Daha fazla yardım için: ISCN ya da EUCROMIC Quality Assessment Group, Eur. J. Hum. Genet. 1997, 5:342-350 or ACC collaborative study 1994).
8.1.4 MATERNAL KONTAMİNASYON
Eğer maternal kontaminasyon raporun izahı ile ilintili ise bir yorum yapılmalıdır. İç raporda ise mutlaka not edilmelidir.
8.1.5 FISH RAPORLARI
FISH testi artık Avrupa laboratuvarlarında geniş kapsamlı kullanıldığı ve bu konuda profesyonel uzlaşma sağlandığı için, FISH raporlarında ticari probların tanısal kullanımının ruhsatlı olmadığını belirten bir uyarıya gerek kalmamıştır.
Rapor adlandırması ISCN’in en yeni baskısına mümkün olduğunca uygun olmalıdır (Bkz 8.1). Rapor, sonucun normal olduğunu açıkça ifade eden yazılı tanımlama ve yorum içermelidir Rapor alıcı/klinisyen tarafından açıkça anlaşılacak şekilde basit bir dille yazılmış olmalıdır.
ISCN adlandırması raporun anlaşılmasını zor hale getiriyorsa, örneğin fazla sayıda prob kullanılmışsa, raporda uygun açıklama ile özet bir yorum verilebilir; örneğin MLL yeniden düzenlenmesi pozitif gibi.
Probun adı ve kaynağı her örnek için verilmelidir ve probun herhangi bir sınırlaması varsa raporda açıkça belirtilmelidir.
Rapor bantlı karyotip analizinin yapılıp yapılmadığını belirtmelidir. Karyotip analizi yapılmışsa, FISH sonuçları geçici olduğu belirtilerek karyotip analizinden önce gönderilebilir (hematolojide hiç metafaz elde edilemediğinde). Bu durum geri dönülemez klinik girişimlerin takip edebileceği anormal prenatal FISH sonuçları söz konusu olduğunda son derece önemlidir.
9. BAŞARI ORANLARI
Başarı oranları kabul sırasında örneğin kalitesine ve standardın altında örneklerin işlenmesinde laboratuvarın bireysel tutumuna bağlıdır. Laboratuvarın kontrolü dışındaki problemler başarı oranının anlamlı olarak azaldığı dönemlere yol açabilir. Laboratuvarlar, kötü etkisi olan dış ve iç faktörleri tanımlayabilmek ve düzeltici girişimlerde bulunabilmek için başarı oranlarını resmi ve tarafsız denetime tabi tutmalıdır. Bu başarı değerleri uygun kalitede gönderilmiş örnekler için geçerlidir ve bu oranlara yıllık olarak ulaşılmalıdır:

Amniyon sıvısı ve uzun dönem CVS kültürleri	%98
Direk CVS	%90
Postnatal periferik kan örnekleri	%98
Fetal kan örnekleri	%98
Tahliye materyali/fetal örnekler/cilt biyopsisi	%60*
AML, ALL, KML, MDS, MPH	%90

*Eğer laboratuvar prensibi olarak gelişi gecikmiş ya da masere olmuş örnekler de kültüre ediliyorsa, başarı oranı daha düşük beklenebilir.
Solid tümör örnekleri için minimum standart belirlemek örneklerin çeşitliliği nedeniyle mümkün değildir.
Tanısal hizmet verilen her tür örnek için her laboratuvar kendi başarı oranlarının kaydını tutmalıdır.
10. RAPORLAMA SÜRESİ
Laboratuvar raporlama zamanı mümkün olan en kısa sürede tutulmalıdır. Laboratuvarların rapor zamanı başvuru nedenini ve aciliyet derecesini gözönünde bulundurmalıdır. Sitogenetik sonuçların raporlanması yetersiz eleman ya da idari işlemler nedeniyle hiçbir şekilde gecikmemelidir. Rapor, analizin bitiminden en fazla bir işgünü sonra gönderilmiş olmalıdır.
Laboratuvarın raporlama zamanı için yazılı kuralları olmalıdır. Başvuruların %90’ı için önerilen rapor zamanı aşağıda verilmiştir:

Amniyon sıvısı ve uzun dönem CVS kültürü	21 gün
Lenfosit kültürü	28 gün
Kemik iliği ve tümör kültürleri	21 gün
Solid doku ve solid tümör kültürleri	28 gün
Kısa dönem CVS kültürleri (direk)	7 gün
Acil lenfosir, kemik iliği ya da kordon kanı kültürleri	7 gün
Prenatal anöploidi taraması FISH/QF-PCR	4 gün

Bu rapor süreleri tüm haftasonlarını ve resmi tatilleri içermektedir.
Prenatal hücre örneklemesini primer üreme problemi nedeniyle tekrar etme kararı 14 günden önce verilmiş olmalıdır.
10.1 GEÇİCİ (PROVİZYONEL-ÖN) SONUÇLAR
Genel olarak, geçici (ön) sonuçlar amir ya da yetkili sitogenetikçi tarafından, klinisyene analizin nihai olmadığını ve hangi anomalilerin henüz ekarte edilemediğini de belirtmek koşuluyla, sözel olarak bildirilmelidir. Ön sonuçlar verildiğinde, doğrulanmış bir basılı nüsha hazırlanmalıdır.
Bu iletişimde verilen bilgi, kime verildiği, kimin tarfından verildiği, tarihi ve zamanı ile hastanın laboratuvar dosyasına kaydedilmelidir. Bu ayrıca son sözel sonuçlar için de geçerlidir.
11. KLİNİK KAYITLAR VE SAKLAMA
11.1 KAYITLAR
Çoğu ülkede, hasta bilgilerinin kaydı ve dosyalanması ulusal mevzuata tabidir. Aşağıdaki öneriler yalnızca böyle düzenlemelerin olmadığı durumlar içindir.
11.2 BELGELERİN ALIKONULMASI
Dosyalama mantıklı ve tutarlı olarak yapılmalıdır ve belge ve materyale erişim hakkında standart işletim kuralları (standard operational procedures; SOP) bulunmalıdır. Dosyada bir özgün örnek numarası olmalıdır ve hasta kimliği, hastanın tam ismini ve doğum tarihi, hastane kayıt numarası, sosyal güvenlik numarası, posta kodunu içeren adres bilgilerinden en az ikisini içermelidir. Dosya, yapılan testlerle ilgili kapsamlı bilgi içermelidir; ör prob adı ve kaynağı, analiz kağıdında sayılan ya da görüntüleme sistemine aktarılmış hücre sayısı.
Her olgu için gerekirse tekrar değerlendirme yapılabilmesi için yeterli bantlı materyal saklanmalıdır. En az iki metafaz görüntüsü preparat, fotoğraf ya da dijital görüntü olarak saklanmalıdır. Dijital görüntüler tercihen kopyalanmalı ve uzun dönem muhafaza için ayrı saklanmalıdır.
11.2 ÖRNEK SAKLAMA
Çoğu ülkede, hasta dokusu saklama ulusal mevzuata tabidir. Aşağıdaki öneriler yalnızca böyle düzenlemelerin olmadığı durumlar içindir.
Kültürler ve fikse edilmiş hücre süspansiyonları mümkünse kesin rapor yazılana kadar saklanmalıdır. Olgunun tekrar değerlendirilmesi için geri dönülebilecek materyal hakkında bilgi en az 5 yıl saklanmalıdır, ama tercihen, özellikle de sonuç anormalse, süresiz olarak saklanmalıdır. Özgün yeniden düzenlenmeleri olan prenatal hücre kültürleri mümkünse doğum sonrasına kadar saklanmalıdır. Eğer anormallik tam olarak tanımlanmadıysa kültür hücreleri sıvı azotta süresiz olarak saklanmalıdır. Benzer şekilde, kanser sitogenetik süspansiyonlar hastalık seyri sırasında tekrar analiz için saklanmalıdır. Bunun için gerekli aydınlatılmış onam alınmalıdır.
11.2.1 SAKLAMA SÜRELERİ
Olgunun tekrar ele alınabilmesi için gerekli tüm bilgi en az 2 yıl süreyle saklanmaldır. Anormallik durumunda sonuç, bilgisayar görüntüleri ya da fotoğraf negatiflerini de içerecek şekilde mümkünse süresiz saklanmalıdır. Her normal örnek için en az bir ya da tercihen iki görüntü ya da preparat kolay ulaşılabilecek şekilde, başvuru nedeni ve sitogenetik raporu ile birlikte en az 5 yıl saklanmalıdır. Metafaz FISH analizi için, anormal ise ya da konvansiyonel kromozom analizi ile gösterilememişse, bilgi verici bir hücrenin preparat fotoğrafı ya da görüntüsü saklanmalıdır.
Hastanın dosyasından kolayca ulaşılamayacak olan ama test sonuçlarının yorumlanmasında kullanılmış olan klinik bilgi istem kağıdında var ise, kağıdın kendisi ya da elektronik bir kopyası saklanmalıdır.
KALİTE GÜVENCESİ
12. GENEL
Her sitogenetik laboratuarının kalite sistemi ulusal ve uluslararası standartlarla uyumlu olmalıdır (ISO 15189:2003 ya da ISO 17025:2005).
13. AKREDİTASYON
13.1 AKREDİTASYON
Akreditasyon, “Bir birimin ya da bir kişinin bazı hizmetleri yerine getirebilmek için ehil olduğunun yetkili bir kişi tarafından yasal olarak tanınması işlemi” dir. (ISO/IEC
Guide 2 General terms and their definitions concerning standardization and related activity.)
Akreditasyon bir laboratuarın talep edilen standartlar düzeyindeki performansının kabul edilebilir olduğununun hakemler tarafından değerlendirilmesidir (genellikle danışmanlık sürecinin değerlendirilmesini içermez). Tercihen laboratuvar dışından bir organizasyonun seçtiği ziyaretçi hakem grubu, laboratuvarın tüm repertuarı açısından deneyimli kişileri içermelidir. Akreditasyon, EA tarafından tanınmış bir akreditasyon birimi tarafından yapılmalıdır. Bir dış kalite kontrol programına katılım akredite konuma erişebilmek için gerekli birçok koşuldan biridir.
13.2 SERTİFİKASYON
Sertifikasyon “bir ürünün, işlemin ya da hizmetin belirli koşulları sağladığına dair üçüncü şahısların yazılı beyan vermesi işlemi” dir. (ISO/IEC Guide 2 General terms and their definitions concerning standardization and related activity).
Sertifikasyon, akreditasyonun aynısı değildir. Sertifikasyon “kalite yönetim sistemlerinin koşulları” nı tasvirleyen ve her türlü etkinliğe uygulanabilir olan ISO9001:2000 gibi standartlar üzerine kuruludur. Akreditasyon sistemleri “kalite sistemleri için koşullar”a ek olarak her türlü laboratuvar etkinliğinde yeterlik sahibi olmak için “teknik gereksinimler” denilen standartlar üzerine kuruludur. Ancak, kalite yönetim sistemleri için ISO9001:2000 gibi standartların, laboratuvar akreditasyonu için kullanılan standartların içeriği ve yapısı üzerinde büyük etkisi vardır. (Burnett D., A Practical Guide to Laboratory Accreditation in Laboratory Medicine, ACB Venture Publications 2002 London ISBN 0 902429 39 6.)
Sertifikasyon yalnızca bir laboratuvarın standartlara ulaşmış olduğunu doğrular. Laboratuvarın performansının kabul edilebilir olup olmadığını değerlendirmez. Danışmanlık işleminin sertifikasyonu, uygun olduğunda laboratuvar akreditasyonuna tamamlayıcı olarak kullanılabilir. Akreditasyon tarafından kapsanan konuların bazıları aşağıda verilmiştir. Daha detaylı bilgi uluslararası standart belgelerinde bulunabilir (ISO 15189:2003 ya da ISO 17025:2000).
14. LABORATUVAR ORGANİZASYONU VE YÖNETİMİ
Laboratuvar yönetimi laboratuvarın düzenlenmesi ve yönetiminin yöntemlerini açıkça tanımlayarak kullananların ihtiyaç ve gereklerini karşılamaktaki taahhütünü açıkça gösterir.
Laboratuvar ISO 15189/17025 standartları ya da onların ulusal eşdeğerlerine uymalıdır. Laboratuvarın kalite amaçlarını ortaya koyan ve devamlı kalite iyileşmesini amaçlayan bir kalite politikası olmalıdır. Laboratuvar yönetimi kalite yönetim sisteminin tasarımı, yürütülmesi, muhafazası ve ilerlemesinden sorumludur (Daha fazla bilgi için, ISO 15189 ya da 17025).
Laboratuvar yönetimi personel yönetimi için prosedürlerin bulunduğunu taahhüt etmelidir; istihdam ve personel seçimi, personel oryantasyonu ve başlatımı, iş tanımları ve sözleşmeler, personel kayıtları, yıllık personel maliyeti, personel toplantıları ve iletişimi, personel eğitimi ve öğretimi, şikayet prosedürleri ve personel disiplin işlemi.
Laboratuvar yönetimi, SOP’ları da kapsayacak biçimde tüm analiz öncesi ve sonrası inceleme işlemini içeren teknik yönetim prosedürlerini bulundurmalıdır. Laboratuvarın yapılan işin kalitesini düşürmeden, kalite kontrol işlemlerini, personel güvenliğini ve hasta bakımını tehlikeye atmadan iş yoğunluğunu kaldırabilmesi için yeterli yerinin sağlanmış olması gerekir.
15. KALİTE ELKİTABI
Kalite elkitabı, laboratuvarın kalite yönetim sistemlerini ve kalite hizmetinin, teknik işlemler dahil, uygulanması ve korunması için düzenlemeleri tanımlar. Tüm personelin görev ve sorumlulukları, sürecin ve kalite kayıtlarının, klinik materyalin kontrolü için prosedürler tanımlanır.
Her laboratuvarın iç ve dış kalite kurulumu, yürütülmesi, korunması ve denetimini idare etmekle görevlendirilmiş bir Kalite Yöneticisi olmalıdır.
16. VERİ KORUNMASI VE GİZLİLİK
Genetik bilginin gizliliği son derece önemlidir. Yapısal sitogenetik verisi araştırılan kişiden başka bireyler için de önemi olan bilgiler içerebilir. Bu nedenle, sitogenetik sonuçlar tercihen laboratuvarın başka alanlarında ya da hastane dosya sistemlerinde ağ üzerinden erişilebilir olmamalıdır. Eğer ağ bağlantılı bilgisayarlı sistem varsa, özel şifreli güvenlik sistemi kurulmuş olmalıdır. Kayıtların arşivlenmesi, yetkisi olmayanların erişimini engelleyecek bir güvenlik sistemi içermelidir.
Hasta bilgisi ya da test sonucu içeren laboratuvar veritabanları güvenlikli, şifreli ve düzenli aralıklarla yedeklenmiş olmalıdır. Yetkisiz fiziksel ya da elektronik erişimin engellenmesi için uygun önlemler alınmış olmalıdır; özellikle de veritabanları güvenli olmayan yerlerde bulunuyor ya da ağ bağlantılı bilgisayarlarda saklanıyorsa. Gizli hasta bilgisine erişimi olan tüm personel gizlilik anlaşması imzalamalıdır (Freedom of Information, 2000 and Data Protection Act, 1998).
Sonuçların suretleri iletilirken, gönderilen materyalin gizliliğini ve yanlış bir alıcıya ulaşması durumunda neler yapılacağının talimatlarını tarifleyen düzgün yazılmış bir kapak sayfası ile gönderilmelidir. Fakslar güvenli bir faks makinesine gönderilmelidir. Eğer güvenli faks makinesi yoksa, alıcı gönderimden önce bilgilendirilmeli ve eline geçtiğine dair teyid alınmalıdır.
17. İŞLEMLERİN VE YÖNTEMLERİN BELGE KONTROLÜ
Kullanılan tüm işlem ve yöntemler kapsamlı bir şekilde belgelendirilmiş ve laboratuvar bölümünün yöneticisi ya da amiri tarafından teyid edilmiş olmalıdır. İşlem ve yöntemlerde değişiklikler tarihlendirilmelidir, böylece her yöntem için verilen herhangi bir günde hangi protokolün kullanıldığını çıkarmak mümkün olmalıdır. Tüm standart işletim kurallarının (SOPlar) özgün tanımlayıcıları olmalıdır; revizyon tarihi ya da ihraç tarihi, revizyon versiyonu, toplam sayfa sayısı ve amirin adı.
İşlemler, yöntemler ve elkitaplarının yıllık yeniden değerlendirilmesi önerilmektedir. Tüm değişiklikler tarihlendirilmesi ve iç kontrol sağlanmasından sorumlu kişi tarafından imzalanmalıdır. Yürürlükte olmayan versiyonlar en az 10 yıl saklanmalıdır. Hangi SOP versiyonunun yürürlükteki olduğunun net olması için belge kontrolü olmalıdır ve tüm eski SOPlar eski ve geçersiz belgelerin kullanılmasını önlemek için toplatılmalıdır. Geçerli SOP’un kimde olduğu belli olmalıdır.
Kalite ve teknik kayıtların tanımlandırılması, toplanması, dizilmesi, erişimi, saklanması, korunması ve güvenli atılması için prosedürler olmalıdır.
18. SAĞLIK VE GÜVENLİK
Eğer ulusal ya da AB mevzuatı tarafından içerilip düzenlenmediyse, aşağıdaki kurallar geçerlidir.
Sağlık ve güvenlikten sorumlu olması için görevlendirilmiş kişi/kişiler olmalıdır. Bir laboratuvar güvenlik komitesinin personelin, hastaların ve ziyaretçilerin yaralanmalarını ve infeksiyonlarını en aza indirmek için güvenli çalışma koşullarını denetleme yetkisi olmalıdır. Laboratuvar güvenlik komitesi ulusal ve uluslararası standartlara ulaşıldığını, bu seviyenin korunduğunu ve personelin sağlık ve güvenlik konusundaki sorumluluklarını bildiğini temin edebilmelidir.
Aşağıdaki durumları içeren sağlık ve güvenlik prosedürleri olmalıdır:

Yangın durumunda yapılacaklar
Tehlikeli bir kimyasalın ya da klinik materyalin dökülmesi durumunda yapılacaklar
İnokülasyon kazası durumunda yapılacaklar
Kaza ve olayların raporlanması ve izlenmesi
Sağlığa zararlı maddelerin kontrolü / risk belirleme
Cihazların dekontaminasyonu
Kimyasal muameleler
Atıkların depolanması ve atılması
Örnek toplanması, muamelesi, nakliyesi, kabul edilmesi ve başka laboratuvarlara danışılması

Laboratuvarlar kullandıkları tüm danışman laboratuvarların ve yönlendirilen tüm örneklerin kaydını bulundurmalıdır.
Bkz AB Direktifleri
19. CİHAZLAR, BİLGİ SİSTEMLERİ, MATERYALLER
19.1 CİHAZLAR
Tüm laboratuvar alet ve cihazları için alım tarihi, üretici firması ve seri numaralarının olduğu bir demirbaş listesi olmalıdır. Anlaşmalı bakımların yanında cihaz bozulmalarının da kaydı tutulmalıdır. Cihazların tedarik ve bakımı için bir prosedür olmalıdır. Tüm cihazlar kalibre olmalıdır ve personelin kullanımından önce risk değerlendirmesi yapılmalıdır.
19.2 BİLGİ SİSTEMLERİ (IT)
Tüm bilgi sistemlerinin yedeklemesi olmalı, depolama, arşivleme ve geri çıkarma için prosedürleri olmalıdır. Ek olarak, veriler şifreyle korunmalı ve gerekirse verinin güvenli atılabilmesi için prosedürler olmalıdır.
19.3 MATERYAL
Materyalin kalite kontrolü yapılmalıdır; bunun içinde kabulde kimliğin doğrulanması, risk değerlendirmesi, güvenli atılması, lot numaralarının dökümü (dikey ve yatay denetimlere izin vermek için), üretim kontrolü ve uygun olduğunda kalibrasyonu vardır. Daha fazla bilgi için uluslararası standartlara bakınız. (ISO 15189:2003 ya da ISO 17025:2000).
20. LABORATUVAR PERSONELİ EĞİTİMİ
Bölüm içinde personel eğitiminden sorumlu görevlendirilmiş bir eleman olmalıdır. Etkin personel yüksek kalite hizmet için bir ön koşuldur. Bu hem uygun eğitimi hem de teknik işin, analizin ve denetimin yapılması için kalifiye eleman hazırlanmasını içerir. Laboratuvarda gereksiz gecikme olmadan raporların çıkarılabilmesi için personelin derecelendirilmesi gereklidir.
Laboratuvarın eğitim programının yapılan işleri her yönüyle açıklayan ve sağlık ve güvenlik konusunda bilgi ve öneriler içeren yazılı bir protokolü olmalıdır. Her adayın uygun standartlarda eğitim aldığını doğrulayacak bir okutmanı olmalıdır.
Personelin her üyesinin yazılı bir iş tanımı ve sözleşmesi olmalıdır. Laboratuvarın her eleman için temel eğitim bilgilerinin, katıldığı kursların, vb bilgilerin içerildiği bir kaydı olmalıdır. Personel uygun profesyonel nitelikleri kazanmaya teşvik edilmelidir.
Elemanların laboratuvarın tanısal hizmetlerine uyumlu olarak sürekli eğitime dayalı programlara katılımlarının sağlanması departman amirinin sorumluluğundadır.
21. ANALİZ ÖNCESİ İŞLEMLER
ÖRNEK KABULÜ
Kullanıcılar için laboratuarın yeri, iletişim bilgileri, açık saatleri, sunulan tanısal hizmetin ayrıntıları, referans merkez yönlendirilmesi ve istenen örnek tüplerinin bilgilerinin bulunması gereklidir. Örnek toplanması ve işlenmesi için prosedürler hazır olmalıdır. Laboratuvarda, örneklerin karışmasını ve yanlış adlandırılmasını önlemek için her örneğe özgü bir tanımlayıcı kod verilmelidir. Eğer başvuru kağıdı ile örnek uyuşmuyorsa, laboratuvar gönderen klinisyenle iletişime geçmelidir. Klinisyen yine de örneğin çalışılmasını istiyorsa, örneğin yanlış adlandırılmış olmasından doğacak hataların sorumluluğunu kabul ettiğine dair bir yazı eklemelidir. Yazılı SOP’lar tüm tanısal işlemler için kullanılır halde bulunmalıdır. Laboratuvarda yapılan tüm işlemler izlenebilir olmalıdır (dikey denetim izi). Verilen bir günde kimin ne yaptığı, hangi kimyasalların, hangi yöntemlerin, vs kullanıldığı yeniden incelenebilir olmalıdır.
22. İNCELEME AŞAMASI – ANALİZ
Örnekte yapılan tüm analiz ve incelemeler belgelenmeli ve izlenebilir olmalıdır. İncelenen hücrelerin mikroskop koordinatları yeniden yerleri bulunabilecek şekilde analiz kağıdında belgelenmelidir. Personel, eğitimden geçmeden ve yeterli oldukları doğrulanmadan analiz yapmamalıdır. Yeterlilik bir “analiz testi” ile belirlenebilir. Tüm analizler ikinci bir yetkili birey tarafından doğrulanmalıdır. İnceleme aşamasının diğer özellikleri için protokoller bölümüne bakınız.
23. İNCELEME SONRASI İŞLEMLER – KONTROL VE DOĞRULAMA
Kültür ve analizlerin kaydı işlemde görevli sorumlu kişiler tarafından imzalanmalıdır. Her rapor laboratuvarı terk etmeden önce yetkili bir kişi tarafından kontrol edilmeli ve imzalanmalıdır. Sonuçların yorumlanması ve raporlanması hakkında daha fazla bilgi için protokoller bölümüne bakınız. Hasta ve örnek isimlendirmesi konusundaki hataların en aza indirgenmesi için sıkı kontrol prosedürleri bulunmalıdır.
Laboratuvarın bir örneğin çalışılma aşamasındaki kritik kontrol noktaları hakkında belgelenmiş bir sistemi olmalıdır. Örneklerin saklanması ve güvenli atılması yerel ya da ulusal mevzuata uygun olmalıdır.
24. İÇ VE DIŞ KALİTE GÜVENCESİ (İKG VE DKG)
Laboratuvarın analiz işlemlerinde (hizmetlerinde) herhangi bir aşamada kendi prosedürü ile uyuşmayan bir durum saptandığında izlenecek kurallar ve prosedürler hazır bulunmalıdır. Düzeltici girişimler problemin altında yatan sebebi/sebepleri belirlemek için bir soruşturma sürecini içermelidir. Önleyici girişimler gerekli ise, planlar geliştirilmelidir. Tüm işlemler (teknik ve idari) laboratuvar yönetimi tarafından düzenli aralıklarla gözden geçirilmeli ve denetlenmelidir.
24.1 İÇ KALİTE BELİRLENMESİ
İç kalite kontrol sistemleri ölçülebilir olduğunda sonuçların istenen kalitesini belirlemelidir. Laboratuvar standartlarının kurulması, izlenmesi ve korunması amirin ya da bu iş için yetkilendirilmiş kişinin görevi olmalıdır. Bu kişi aşağıdakilerin kurulmasını sağlamalıdır:

Her endikasyona göre uygun bant rezolüsyon seviyeleri
Bant seviyesinin belirlenmesi için kriterler
Bu bant düzeylerine ulaşılamadığına yapılabilecek iyileştirmeler

Bant seviyeleri Ulusal Yönergeler tarafından kararlaştırılmış standartların altında olmamalıdır. Laboratuvarın/bölümün amiri mevcut laboratuvar performansı hakkında sık ve periyodik olarak bilgi almalıdır.
Laboratuvarlar, örnek başarı oranları ve genel preparat kalitesi açısından denetlenmelidir. Standartlar kararlaştırılmış kriterlerin altına düştüğünde, altta yatan nedenlerin soruşturulması ve sonrasında her türlü eksikliği düzeltmek için girişim yapılabilmesi mümkün olmalıdır.
Problemlerin soruşturulma ve düzeltilme aşamalarının belgelenmiş olduğu da doğrulanmalıdır. Her türlü yöntemsel, analitik ya da raporlama hatası düzenli olarak kontrol edilmelidir.
24.2 DIŞ KALİTE
Laboratuvar senelik dış kalite güvencesi kontrol programlarına tüm analiz repertuarı ile katılmalıdır. DKG programları Sitogenetikçiler ya da Ulusal Genetik Derneği tarafından tanınmış/onaylanmış olmalıdır.
Eğer Ulusal bir şema yoksa, diğer ülkelere açık olan Avrupa DKG şemaları www.eurogentest.org internet adresinde verilmiştir.

TEŞEKKÜR

Kalıcı çalışma grubu aşağıdaki kişilere bu yönergenin hazırlanmasındaki katkılarından dolayı teşekkür eder. Lorraine Gaunt, Rod Howell, Edna Maltby, Fiona Ross, Sarah Ryley, Zoe Docherty, Susan Gerber, Nils Mandahl, Alain Bernheim. This paper was completed with the support of
Eurogentest (grant no: LSHB-CT-2004-512148)

EK SİTOGENETİK ANALİZ ENDİKASYONLARI

Klinisyen, bir hastanın durumunun/hastalığının bir kromozom bozukluğuna bağlı olduğundan şüphelendiğinde sitogenetik analiz istemelidir. Çoğu klinisyenin bu durumlara aşina olmasına rağmen bu endikasyon listesi özellikle de ICD-10 tanısal adlandırma sistemi ile birlikte kullanıldığında uygun hasta tiplerini belirlemeye yardımcı olabilir. Bu endikasyonlar sorumlu kişilerin bir sitogenetik laboratuvarı için danışma kalıbını ve beklenen iş yükünü izleyebilmesi için bir yönerge olarak verilmiştir.

SİTOGENETİK DOĞUM ÖNCESİ TANI İÇİN KLİNİK ENDİKASYONLAR (Amniyon sıvısı, koryon villus örneklemesi, fetal kan)

Bir kromozomal anormallikle doğmuş çocuk öyküsü
Potansiyel olarak yaşamla bağdaşan kromozom anomalisi olan fetus ölü doğumu öyküsü
Parental kromozomal yeniden düzenlenme, kromozomal mozaisizm ya da cinsiyet kromozomu anöploidisi
Kromozomal anormalliği olan çocuk riskinin artmış olduğu biyokimyasal tarama testi sonucu
İleri anne yaşı
Fetal ultrasonda anormallik
Daha önceki doğum öncesi tanı yöntemiyle belirlenmiş mozaisizmin doğrulanması
Kromozomal instabilite sendromu riski

YAPISAL KROMOZOM ANALİZİ İÇİN KLİNİK ENDİKASYONLAR (Periferik kan, kemik iliği, fibroblast)
Aşağıdaki durumlar için anlamlı aile hikayesi:

Kromozom yeniden düzenlenmesi
Etkilenmiş bireyin çalışılamadığı olası kromozomal temelli mental retardasyon
Akrabalarda düşük, ölü doğum ya da malforme fetus doğumu öyküsü

Hastada:

Primer ya da sekonder amenore, prematür menopoz
Sperm anormallikleri – azoospermi ya da şiddetli oligospermi
Klinik olarak anlamlı gelişim bozukluğu – kısa boy, aşırı büyüme, mikrosefali, makrosefali
Ambiguous genitale
Anormal klinik fenotip ya da dismorfizm
Konjenital anomaliler
Mental retardasyon ya da gelişme geriliği
Delesyon/mikrodelesyon/mikroduplikasyon sendromu şüphesi
Dişi bireyde X’e bağlı resesif hastalık
Bir kromozomal instabilite sendromuna ait bulgular, izole hematolojik bulgular dahil
Kemik iliği naklinden sonra takip

Çiftlerde:

Kromozomal anomali ya da prenatal tanıda saptanmış olağandışı varyant
Tekrarlayan gebelik kaybı (3 ve daha fazla); etkilenmiş fetusun incelenemediği ölüdoğumlar, yenidoğan ölümleri.
Kromozomal anomalili ya da olağandışı varyanta sahip çocuk
İdiopatik infertilite

YAPISAL ÖRNEKLERİN FISH TESTİ İÇİN KLİNİK ENDİKASYONLAR

Bireyde:

Tanısal testi mevcut mikrodelesyon hastalığının klinik şüphesi
Aile hikayesi nedeniyle artmış mikrodelesyon sendromu riski
Spesifik bir kromozomal sendrom için mozaisizm düşündüren klinik bulgular
Vericinin karşı cinsiyetten olduğu kemik iliği nakli takibi
Standart sitogenetik analizle şüphe edilen kromozomal anormallik FISH ile aydınlatılabilecek ise, ya da önemli bir klinik endikasyonun olduğu durumda
Marker kromozom varlığında
Kriptik subtelomerik yeniden düzenlenme şüphesi varsa, akrabalardaki artmış risk dahil

Metafaz FISH

Marker kromozom
Bir kromozoma eklenmiş menşei bilinmeyen parça
Yeniden düzenlenmiş kromozom
Bir kromozom segmentinin kaybı ya da kazancının şüphesi
Mozaisizm değerlendirmesinde.

Interfaz FISH:

Sayısal anomaliler
Duplikasyonlar
Delesyonlar
Yeniden düzenlenmeler
Cinsiyet kromozomu yapılandırılması
Mozaisizm
Gen amplifikasyonu değerlendirilmesinde.

Acil doğum öncesi FISH/QF-PCR

Kromozomal anomali için yüksek risk, prenatal ultrasonda anomali gibi

KANSER SİTOGENETİĞİ İÇİN KLİNİK ENDİKASYONLAR (Kemik iliği, lenf nodu, solid tümör, aspirasyonlar, sıvılar)

Akut lösemi – tanı anında. Eğer bir anomali mevcutsa tedavi sonrası ya da relaps durumunda takibi yapılabilir. Anormal bir klon tespit edilirse, relapsda tekrar incelenmesi gerekebilir.
Myelodisplazi (MDS): tanı anında, özellikle kemik iliği nakline aday hastalarda. Hastalık progresyonunda ya da tedaviden sonra takip gerekebilir.
Kronik myeloid lösemi (KML): tanı anında. Evreleme ve tedavi etkinliği takibi için takip gerekebilir.
Diğer kronik myeloproliferatif hastalıklar (MPH): seçili olgularda tanı anında, KML’yi ekarte etmek ve olası akut lösemi transformasyonunu tespit edebilmek için.
Malign lenfoma ve kronik lenfoproliferatif hastalıklar: seçili olgularda tanı anında
Solid tümörler: çocukluk çağı küçük yuvarlak hücreli tümörlerde tanı anında endike olabilir, seçili sarkomalar, lipomatöz tümörler, ve diğer tümörler; klinisyen ve/veya patologun konsültasyonu ile.

REFERANSLAR